Durante la segunda mitad del siglo XIX, los espiritistas chilenos formaron las primeras asociaciones nacionales dedicadas a esta doctrina. Estas agrupaciones difundieron el espiritismo a lo largo del país, traduciendo libros de autores extranjeros, publicando revistas y folletos y reuniéndose en círculos donde "se comunicaban" con los espíritus.

Según la Revista de Estudios Psíquicos, órgano del "Centro de Estudios Psíquicos", la primera agrupación espiritista chilena nació el año 1873 en Chillán. Dos años más tarde, un grupo formado por profesores escolares y universitarios (entre ellos, Eduardo de la Barra y Francisco Basterrica), dos mujeres "de reconocida ilustración y de alta representación social" y estudiantes jóvenes fundaron un centro espiritista en Santiago ("Breve reseña sobre el espiritismo en Chile", n°126, 1914, p. 3015).

En los años siguientes aparecieron nuevos centros y círculos espiritistas en numerosas localidades del país. Uno de ellos fue el "Centro Jacinto Chacón" en Valparaíso, fundado el año 1904 en honor al abogado, profesor y espiritista Jacinto Chacón (1820-1898), quien fue tío de Arturo Prat (1848-1879). De acuerdo a la revista del centro, su objetivo fue estudiar el espiritismo "como doctrina filosófica y ciencia experimental" (A dónde vamos?, Órgano del Centro Eduardo de la Barra, N° 16, 1905, p. 125).

Esta agrupación compartió su órgano de expresión con el "Centro Eduardo de la Barra" de Santiago, que en 1905 afirmó que durante ese año "distinguidas señoras" se unieron a sus reuniones. Las sesiones especiales eran una de las actividades que realizaba este centro. En ellas se hicieron trabajos de experimentación orientados a la formación de médiums curativos (A dónde vamos?, Órgano del Centro Eduardo de la Barra, n° 23, 1905, pp. 339-340).

Sin embargo, los centros espiritistas no estuvieron conformados exclusivamente por miembros de la élite. En 1906 un grupo de obreros, liderados por el anarquista Luis Ponce, fundaron en la Estación Dolores de Tarapacá el "Centro de Estudios y de Propaganda Psíquica Allan Kardec". Para ello solicitaron, en el periódico Tierra y Libertad, ayuda para la formación de su biblioteca, a través del envío publicaciones espiritistas. De acuerdo al historiador Sergio Grez, este "no fue un caso aislado entre los anarquistas por aquellos años" (Los anarquistas y el movimiento obrero. La alborada de la "Idea" en Chile, 1893-1915. Santiago: LOM, 2007, p. 214).

Las asociaciones espiritistas también tuvieron detractores. En 1907, el quincenario teosófico Luz Astral criticó la existencia de centros "que sólo se ocupan de asuntos triviales; que sólo se congregan para obtener fenómenos y satisfacer así una vana curiosidad". Esta "degeneración del espiritismo" fue atribuida a la falta de unidad de los centros, su organización anárquica y a la libertad con que se formaban centros de este tipo ("El espiritismo", n° 518, primera quincena de abril de 1907, p. 3).

La falta de unidad también fue una preocupación para los espiritistas de la época. En 1904, en una sesión celebrada en el Centro Eduardo de la Barra, se acordó conformar la Federación Espiritista Chilena, "destinada a uniformar las opiniones de los espiritistas chilenos y a estrechar los vínculo fraternales que los unen" (A dónde vamos?, Órgano del Centro Eduardo de la Barra, n° 22, 1904 p. 305). Asimismo, en 1908 la publicación espiritista La Voz de los Muertos señaló que en el Segundo Congreso Espiritista de México se acordó la formación de la "Confederación Espirita Latino-Americana", cuyo principal objetivo era "la franca y libre unión de los Espiritistas residentes en las naciones latinoamericanas" ("Segundo Congreso Espirita de México", La Voz de los Muertos, n° 9, 1908, pág. 2).