A fines del siglo XIX, estudios médicos publicados en Chile comenzaron a referirse a la homosexualidad. Estos estudios reflejaron la influencia de autores extranjeros y el discurso médico sobre el tema, que consideró a la homosexualidad como una enfermedad que era necesario tratar o curar (Juan Cornejo. "Configuración de la homosexualidad medicalizada en Chile". Sexualidad, Salud y Sociedad, Revista Latinoamericana, 9, 2011).

Los estudios médicos sobre la homosexualidad traspasaron las fronteras de la medicina para incidir en campos como la criminología. En 1896, el médico Federico Puga Borne (1855-1935) incluyó en su Compendio de medicina legal: adaptado a la legislación Chile un apartado sobre la sodomía, en el que detalló signos físicos que permitían identificar a quienes llevaban a cabo esta práctica sexual considerada como delito. Por este motivo, estudios como el de Puga Borne fueron posteriormente utilizados para examinar y criminalizar a individuos homosexuales.

Desde las primeras décadas del siglo XX, médicos chilenos publicaron artículos que abordaron de manera explícita la homosexualidad. Uno de ellos fue Luis del Solar, quien en 1934 publicó un estudio donde distinguió al "homosexual de la categoría alta" del "de las bajas esferas". Según su autor, los primeros eran individuos con un "cerebralismo exagerado" -como artistas, escritores y científicos- en los que la homosexualidad se presentaba como un problema de origen psíquico ("Toxicomanía y homosexualidad". Revista Médica de Chile, n° 4, p. 244). Para el periodista Oscar Contardo, clasificaciones como esta fueron una forma de explicar la existencia de homosexuales de élite, y diferenciarlos de aquellos de clase baja (cf. Raro. Una historia gay de Chile. Santiago: Planeta, 2011).

En este período, las revistas científicas chilenas también publicaron investigaciones realizadas por médicos extranjeros. Este es el caso del español Gregorio Marañón, quien en 1929 publicó en Chile un artículo donde definió a la homosexualidad como "un fenómeno condicionado por un estado de bisexualidad del organismo" ("La homosexualidad como estado intersexual", Revista Médica de Chile, n°6, p. 416). Ocho años más tarde, en el segundo número de la Revista de Criminología y de Policía Científica, Marañón presentó "Una clasificación de los homosexuales desde el punto de vista médico-legal". Allí afirmó que la delincuencia era más intensa en los hombres homosexuales que entre quienes no lo eran. Afirmaciones como las de Marañón fueron posteriormente utilizadas para definir a "la figura del homosexual como un potencial criminal y un sujeto que debía estar bajo vigilancia" (Oscar Contardo. Raro…,p. 198).

Durante la segunda mitad del siglo XX continuaron publicándose en Chile artículos médicos sobre el tema, los que fueron reflejando los nuevos "avances" científicos sobre su estudio. Entre ellos destacaron las investigaciones del psiquiatra Carlos Whiting, quien explicó la homosexualidad desde la perspectiva del psicoanálisis. En estos estudios, el psiquiatra diferenció la homosexualidad "verdadera" de la "pseudohomosexualidad", a partir de factores como la presencia reiterada del impulso y la actividad homosexual.

Para el investigador Juan Cornejo, la medicalización de la homosexualidad permaneció de manera hegemónica hasta fines del siglo XX, cuando surgieron en Chile una serie de estudios que cuestionaron dicha hegemonía. No obstante, Cornejo ha planteado que en el discurso chileno sobre la homosexualidad aún predomina un paradigma medicalizador, el que "además de influenciar imaginarios sociales, dan lugar a la homofobia y a las dificultades para introducir reformas pro derechos de la comunidad LGTB" ("Configuración de la homosexualidad…", p. 110).