Después de más de una década en la que vivió en Perú con cortas estadías en Ecuador y Chile, Manuel Bilbao estableció su residencia definitiva en Buenos Aires, Argentina, en 1865, tras haber arribado a la capital trasandina debido al delicado estado de salud de su hermano Francisco, quien murió el 19 de febrero de ese mismo año.

En Buenos Aires se dedicó al periodismo, actividad que venía desarrollando desde la redacción de La Barra -periódico sucesor de El amigo del pueblo, órgano de la Sociedad de la Igualdad- en 1851 y La revista Independiente (1853-1854), que fundó durante su exilio en Lima.

Fue redactor del diario La República y, posteriormente, fundó el periódico La Libertad, "en el que propendió al progreso general de la sociabilidad y del pueblo argentino. Clausurado este diario, redactó La Prensa, conquistándole prestigio en la opinión" (Figueroa, Pedro Pablo. Diccionario biográfico de Chile. Tomo I. Santiago: Impr., Litogr. y Encuadernación Barcelona, 1897, p. 213-214).

En 1866 publicó "Vida de Francisco Bilbao" junto a la primera reunión de las Obras Completas de su hermano, Historia de Rosas en 1868 y Vindicación y memorias de Don Antonino Reyes (1883), pero, además de publicar libros históricos, se involucró desde la prensa en los conflictos limítrofes entre Chile y Argentina.

Según, Pedro Pablo Figueroa, "los lazos de familia y de afecto que lo unían a la República Argentina le dictaron diversos folletos en relación con la cuestión de límites con Chile. Obedeciendo a estos impulsos, vino a Santiago en 1878, a promover un debate internacional en el diario El Ferrocarril, que dio lugar a su violenta salida hacia el Plata por las protestas populares que provocó con sus escritos" (p. 214).

También entró en polémicas con Domingo Faustino Sarmiento debido a cierto "juicio ligero e injusto" que el intelectual argentino habría lanzado "contra la memoria de Francisco Bilbao" (Figueroa, Pedro Pablo, p. 214). Esta polémica se vio reflejada en el libro recopilatorio Cartas a Sarmiento que en 1875 fue publicado en Buenos Aires.

Manuel Bilbao vivió por treinta años en la capital argentina dejando un legado intelectual de importancia tanto en el trabajo histórico como en el periodismo. Siempre cerca de la polémica, "pues su carácter distintivo de escritor era la controversia pública, falleció en Buenos Aires el 14 de agosto de 1895, siendo su muerte sincera y generalmente deplorada por la prensa más ilustrada y prestigiosa del Plata y la de Chile" (Figueroa, Pedro Pablo, p. 214).