Tras la agitación política que entre 1850 y 1851 produjo motines contra los gobiernos de Bulnes y Montt en Santiago, Valparaíso y San Felipe, Francisco y Manuel Bilbao partieron al exilio con rumbo a Perú.

En Lima, los hermanos continuaron con sus actividades políticas hasta abril de 1854, fecha en la que ambos fueron deportados a Guayaquil, Ecuador, acusados de haber sido parte en la revolución que intentó derrocar al gobierno conservador del general José Rufino Echenique, al que se le imputaban escándalos de corrupción (Sobrevilla, David. "Francisco Bilbao en el Perú". Escritos peruanos. Santiago de Chile: Universitaria, 2006, p. 19).

Durante esos años en Lima, Manuel Bilbao fundó La revista independiente, periódico científico y literario cuya vida editorial se extendió entre el 15 de diciembre de 1853 y el 28 de enero de 1854 y publicó, además, la obra Historia del Jeneral Salaverry (1853), consagrada al prócer peruano. En el año 1852, vio la luz una narración de su autoría considerada como uno de los textos fundacionales de la novela histórica chilena: El inquisidor mayor o Historia de unos amores; un año después, publicó su continuación, la novela Los dos hermanos.

Tras su deportación a Ecuador, Manuel Bilbao volvió a Lima en el año 1855 para, en su calidad de abogado, emprender la defensa de su hermano Francisco (Figueroa, Pedro Pablo. Diccionario biográfico de Chile. Tomo 1, Santiago, Imprenta y encuadernación Barcelona, 1897, p. 213). Este -que había regresado a Lima luego de la derrota del General Echenique-, el 21 de mayo de ese mismo año, fue acusado ante la Inquisición peruana por haber cometido "delito de imprenta" (Sobrevilla, p. 19).

En Lima, ciudad en la que residió intermitentemente hasta 1865, fecha en la que se radicó definitivamente en Buenos Aires, Manuel Bilbao publicó, además, la novela El Pirata del Guayas (1855), el libro Compendio de la historia política del Perú (1856) y la traducción de las Memorias de Lord Cochrane (1863),.