En la jornada del 20 de abril de 1851 en la que un sector de los liberales vinculado, por un lado, con la oligarquía santiaguina y, por otro, con la Sociedad de la Igualdad, intentó derrocar por las armas al gobierno de Manuel Bulnes, José Antonio Torres defendió al gobierno conservador en su calidad de capitán del número 2 de la Guardia Cívica.

En esa jornada fue herido en el brazo y, según cuenta Miguel Luis Amunátegui en sus Ensayos biográficos, frente a la pregunta que el general Bulnes le hiciera por el carácter de su herida, Torres habría respondido: "Todavía tengo sano el brazo derecho para pelear por la República" (Ensayos biográficos. Tomo IV. Imprenta Nacional de Santiago, 1896, p. 205).

Sin embargo, siete años después, tras el estado de sitio que declaró el gobierno conservador de Manuel Montt en las provincias de Santiago y Valparaíso, Torres fue apresado y condenado a la colonia de Magallanes por un tiempo indefinido. Al respecto, escribió Amunátegui: "Si el herido hubiese podido levantar con su mano ilesa el velo que oculta el porvenir habría visto con asombro que el partidario de hoy iba a ser el adversario de mañana; y que el gobierno que condecoraba su pecho con una medalla debía más tarde prenderle y desterrarle" (p. 205).

José Antonio Torres, principal redactor del periódico El Correo Literario, acusado de difundir propaganda liberal, fue detenido junto a otros intelectuales contrarios al gobierno. Al día siguiente de su aprensión, la mayor parte de ellos fue puesta en libertad, "después de habérseles exigido una multa de cincuenta pesos a cada uno". Sin embargo, Torres, junto a otros doce hombres, continuaron detenidos y fueron llevados a juicio el 1 de febrero del año 1859 (p. 219).

Si bien la Corte Suprema declaró purgado el delito de Torres "con la prisión sufrida", junto a Santiago Ortúzar, Ramón García, Roberto Souper, Juan E. Doren, Ramón Lara, Antonio Almeida y "el honrado y laborioso artesano Rojas", fue conducido a Valparaíso para ser embarcado con rumbo a la colonia de Magallanes (p. 220-221).

A bordo de la embarcación de nombre "Olga", que había zarpado desde Valparaíso con rumbo a Magallanes el 24 de febrero de 1859, él y otros presos realizaron un motín con el fin de tomar el control de la nave, la que dirigieron hacia el puerto de El Callao. Según Torres: "El 28, a las once del día, estando el capitán del buque almorzando con el jefe de la guarnición, nos fuimos sobre esta; y auxiliados de tres revólveres que habíamos logrado llevar a bordo con nosotros mismos, empezamos a desarmar a los soldados uno por uno, sin el menor ruido, y sin que fuera necesario derramar una gota de sangre" (citado en Amunátegui, p. 221-222).

En Perú, el escritor chileno permaneció hasta 1860, donde "fundó y escribió (…) un periódico que le dio celebridad y vida" (Figueroa, Pedro Pablo. Diccionario biográfico de Chile. Tomo III. Santiago: Impr., Litogr. y Encuadernación Barcelona, 1901, p. 329). Ese mismo año, regresó a Chile donde continuó su labor escritural y publicó, entre otros libros, Oradores chilenos: retratos parlamentarios (1860), Carlos o Amor de padre (1862) y Solución de la cuestión de límites entre Chile i Bolivia (1863).