La Compañía de Jesús concentró las bibliotecas y acervos bibliográficos más importantes durante la colonia, llegando a poseer, al momento de la expulsión de la orden de los territorios españoles, 20.000 volúmenes repartidos en distintas casas y residencias.

La más grande se encontraba en el Colegio de San Miguel en Santiago, que contaba con una biblioteca de 6.260 ejemplares, siendo la biblioteca más grande del país para ese entonces. La mayoría de los libros eran obras filosóficas, teológicas y religiosas, aunque también tenían literatura profana como de autores antiguos, padres y doctores medievales, escolásticos, españoles, humanistas, escritores de los siglos XVI y XVII y varias obras de autores americanos.

Entre las demás casas de los jesuitas, las bibliotecas más importantes correspondían al Colegio de Concepción, al noviciado de Santiago y al Colegio de Castro, que contaban con 2.081, 1.614 y 1.016 volúmenes respectivamente (Hanisch, Walter. “Bibliotecas Jesuitas”. Historia de la Compañía de Jesús en Chile: (1593-1955). Santiago de Chile : Francisco de Aguirre, 1974, pp. 106-108).

Luego de la expulsión de los jesuitas, la Universidad de San Felipe heredó todas las bibliotecas que eran la Compañía.