Juan Gómez Millas, siendo Ministro de Educación de Eduardo Frei Montalva en 1966, invitó a Croxatto a dirigir uno de sus proyectos más ambiciosos, el Centro de Perfeccionamiento, Experimentación e Investigaciones Pedagógicas, como reconocimiento a su labor como educador.

En ese cargo, Croxatto creó laboratorios para enseñar a los futuros profesores de ciencias, ya que creía que la enseñanza y la experimentación eran indisociables y las ciencias sólo se podían aprender a través de la observación de los fenómenos.Para Croxatto esta oferta fue una oportunidad para cambiar el enfoque de la formación de los docentes de ciencias naturales, promoviendo la experimentación práctica como método de enseñanza en liceos y colegios.