El atrevimiento y la acritud en algunas de sus opiniones y actitudes le valieron a Emilio Rodríguez Mendoza más de algún conflicto. Entre ellos, una disputa con intención de duelo con el mayor de Ejército Dativo del Canto, que el mismo Rodríguez se encargó de aclarar públicamente en el diario La Ley del 27 de mayo de 1897:

"Para evitar comentarios equívocos, hago las siguientes declaraciones:

1° En la noche del 21 de mayo fui provocado por don Dativo del Canto (sarjento mayor de ejército).

2° No debiendo arreglar asuntos de esta especie con riñas de arrabal, i para detenerlo me ví en la precisión de sacar mi revólver.

3° Al día siguiente envié padrinos al señor Canto, quien, después de consultarse con el estado mayor nombró a su vez padrinos a los señores Frias (coronel) i Argomedo (comandante); i

4° Los padrinos del señor Canto declararon que este caballero ni retiraba las ofensas ni se batía.

He creído cumplir con mi deber.

Emilio Rodríguez Mendoza".

Sus polémicos artículos cargados de crítica social y burla irónica dirigidos a la clase oligárquica gobernante lo llevaron, también, a participar de un duelo con Carlos Luis Hübner, periodista de El Diario, que se efectuó el 22 de marzo de 1896 en Los Andes. El resultado: al señor Hübner, el segundo disparo de bala "le rozó superficialmente la piel de la parte superior y lateral del cuello, más o menos al nivel del ángulo de la mandíbula inferior", mientras que Rodríguez "no recibió ni un rasguño" (Valenzuela, Víctor. Cuatro escritores chilenos. New York, Las Américas Publishing Co. 1961, p.49).