En 1735 comenzó a operar la Casa de Recogidas, primer reclusorio femenino que se ideó específicamente para "depositar e inducir el recogimiento" de meretrices, esposas infieles o mujeres que se las consideraba proclives al libertinaje por hallarse en espera de la resolución de divorcio. La sanción para estas alteraciones al orden social, la emitían autoridades judiciales y edilicias, y en menor medida religiosas. El propósito, antes que castigar, era que las reclusas, por medio de la disciplina y la oración, enmendaran su pasado equívoco o su tendencia a la "liviandad". El temor al encierro también era una estrategia para reprimir los comportamientos indeseados entre las mujeres libres.

La Casa de Recogidas fue administrada por las Esclavas de Jesús, beaterio jesuita que se constituyó para custodiar el penal, no obstante, el recinto dependía del Estado. En 1810, en los albores del proceso de Independencia, la Junta de Gobierno clausuró este asilo para transformarlo en cuartel. En 1818, otra institución, la Casa de Corrección, suplió al penal colonial, aunque incluyó una modificación al introducir labores productivas que proveyeran ingresos. Esta medida era parte de la dinámica punitiva moderna que concebía el trabajo como un elemento rehabilitador. Unas décadas más tarde, en 1842, este principio se constituyó en uno de los pilares del proyecto estatal de formación del sistema carcelario chileno.

Durante el siglo XIX, el impulso renovador del Estado se reflejó en el aumento de penales femeninos, Casas de Corrección, en las ciudades más importantes del país. Empero, en dicha época, la reforma más importante en relación con las cárceles de mujeres fue el traspaso de su tutela del Estado a una orden religiosa, la Congregación de las Hermanas del Buen Pastor. El apostolado de esta orden consistía en preservar la virtud en la juventud desamparada, y reeducar moral y espiritualmente a mujeres que cometían delitos. Cabe decir que la Iglesia Católica y algunas mujeres de alta sociedad adeptas a la beneficencia, influyeron para que la Orden asumiera el cuidado de las internas. En 1864 el Buen Pastor se hizo cargo oficialmente de las correccionales femeninas del país, pero ya desde 1857 dirigían la Casa Correccional de Santiago, la casa matriz del sistema penitenciario femenino. El modelo de punición femenino, a cargo del Buen Pastor, era muy diferente al masculino, pese a que surgieron paralelamente en el siglo XIX. La principal disimilitud entre mujeres y hombres era el absoluto carácter laico del segundo.

Desde la década de 1930 y en forma creciente, el sistema carcelario femenino experimentó severos cuestionamientos que impulsaron a las autoridades a realizar transformaciones. Las críticas al modelo punitivo del siglo XIX se centraron en el manejo religioso de los penales, considerado anacrónico en el contexto de un Estado moderno. Por otra parte, el declive de la administración del Buen Pastor se relacionó con el auge de disciplinas como la psicología, la estadística y la fisiología. Estas especialidades alimentaron la naciente criminología, ciencia que se abocó a explicar racionalmente el fenómeno delictual en las mujeres. Así también, el evidente desarrollo de la ciudadanía femenina contribuyó al descrédito del modelo. Pese a esto, recién en los albores de los años noventa, la reclusión de mujeres transitó al sistema de gendarmería chileno.